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Pixelmon está diseñado para que los jugadores y servidores puedan elegir y crear sus propios desafíos, tanto como si esto significa completar la Pokédex, como ganar combates jugador contra jugador, o para cualquier otro desafío. No hay un progreso determinado de Gimnasios en Pixelmon, pero los servidores pueden implementar esta característica si lo desean utilizando Entrenadores PNJ o jugadores como Lideres de Gimnasio, además las Medallas están presentes en Pixelmon por si los servidores desean utilizarlas como marcas de logros. Por otro lado, actualmente hay un sistema de aparición de Gimnasios desarrollado por el equipo de Pixelmon.