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Pixelmon está diseñado para que los jugadores y servidores puedan elegir y crear sus propios desafíos, tanto si esto significa completar la Pokédex, como ganar combates jugador-vs.-jugador, o para cualquier otro desafío. No hay un progresión fija de Gimnasios en Pixelmon, pero los servidores pueden implementar esta característica si lo desean usando Entrenadores PNJ o jugadores como Lideres de Gimnasio, las Medallas están presentes en Pixelmon si los servidores desean utilizarlas como marcas de logros. Por otro lado, actualmente hay un sistema de aparición de Gimnasios desarrollado por el equipo de Pixelmon.